Aquí se encuentran los episodios de la tercera temporada Alterna.
29 (55): ¿Mal final?, Parte 2[]
El mensaje de Franz Hopper dice que hay que ejecutar un programa que consiguieron en la terminal hace un tiempo (episodio 24: Intento semifrustado). Jeremie hace tal y como viene en el mensaje y el núcleo de Lyoko y el sector 5 es regenerado. Jeremie virtualiza a Odd, Ulrich y Yumi para que protejan el núcleo. Estos tienen nuevos trajes ya que al reconstruir Lyoko se actualizó.
Al final, algo sorprendente sucede: aparece Aelita al lado de la terminal de datos.
30 (56): Nuevo engaño[]
Tras lo ocurrido, Jeremie crea un clon de Sissi para sustituir a la verdadera ya que está en el Mar digital.
Los Guerreros de Lyoko descubren que Franz Hopper ha trasladado a Aelita al Mar digital pero a Sissi no porque dice que sigue bajo el control de XANA. Franz aparece de repente en los escáneres y virtualiza a los Guerreros de Lyoko en el sector 5 para encontrar en la terminal un programa del que dice que podrán conseguir la vuelta de la chica sin estar poseída pero todo resulta ser una trampa de XANA para atrapar a Aelita, Ulrich, Odd y Yumi en el limbo (espacio buffer de Lyoko y del mundo real).
31 (57): Reencuentro[]
Jeremie ha localizado a Sissi en el sector del desierto pero sigue bajo el control de XANA. Los Guerreros de Lyoko van a desvirtualizarla. En Lyoko ven que tiene el símbolo de XANA en la frente y que tiene un nuevo poder (espíritu rosa). La desvirtualizan pero no aparece en los escáneres. Jeremie cree que está poseída de forma permanente y para hacerla volver a la normalidad tendrá que crear un programa.
32 (58): Nuevo ataque[]
XANA lanza un ataque poseeyendo a un monstruo de tres cabezas inanimado pra atacar a los Guerreros de Lyoko. Sissi-XANA y unas mantarrayas protegen la torre activada en el sector de las montañas.
33 (59): Día catastrófico[]
Mediante un virus, XANA se hace con el control de una torre del clon de Sissi y lo triplica. Uno de los clones se virtualiza en Lyoko para ayudar a la verdadera Sissi-XANA y los otros dos clones atacan en la Tierra a Jeremie y Odd.
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Jeremie ha creado unas naves para que los Guerreros de Lyoko se puedan mover por el Mar digital. Cuando van a estar listas, Sissi-XANA y 5 gusanos atacan las naves.
35 (61): Ataque por triplicado[]
XANA activa dos torres y ataca las naves.
36 (62): Descubrimientos[]
Jeremie ha llegado a la conclusión de que XANA se ha hecho fuerte por lo que decide explorar el Mar digital con las naves. Encuentran un nuevo mundo como Lyoko con un sector 5 más grande de lo habitual.
37 (63): Búsqueda[]
Jeremie se centra en liberar a Sissi y dice que con buscar unos datos en el gran sector 5 será suficiente para crear un programa y liberarla.
38 (64): La liberación[]
Jeremie ha compuesto el programa para liberar a Sissi. Tan solo tienen que desvirtualizarla. Al final la liberan.
39 (65): Clon verde[]
Tras haber liberado a Sissi, los Guerreros de Lyoko se debaten el que vaya Sissi a Lyoko. XANA lanza un ataque y crea un nuevo monstruo en Lyoko: un clon verde que engaña e hipnotiza a Sissi contándole que los Guerreros de Lyoko han decidido que vaya a Lyoko para así aprovecharse de sus grandes poderes que le ha “regalado”
40 (66): Nuevo plan[]
Jeremie decide buscar señales de XANA por el Mar Digital y encuentra un espacio raro. Los Guerreros de Lyoko van hasta allí pero XANA los detiene…
41 (67): Paraix[]
Los Guerreros de Lyoko descubren que el otro sector es un sitio llamado Paraix muy raro. Estos exploran el sector en busca de información.
42 (68): Clones[]
XANA crea un clon de Ulrich. En Lyoko, aparece el clon verde con forma de Odd y que luego se transforma en Ulrich.
43 (69): Nuevos descubrimientos[]
Jeremie descubre que Paraix fue creado por Franz Hooper para abastecer a XANA de poder y así dar menos vueltas al pasado para hacer fuerte a XANA.
44 (70): Caos en la academia, Parte 1[]
XANA lanza un ataque activando una torre en Paraix y envía a la Scyphozoa al mundo real. Esta aparece en la academia y posee a la gente agarrándola con sus tentáculos. Los Guerreros de Lyko intentan ir a la fábrica pero los poseídos montan guardia al acceso a la alcantarilla y a la salida de Kadic. Al final logra ir a la fábrica a través del pasadizo secreto de la Ermita… y en Lyoko las naves han sido destruidas.
45 (71): Caos en la academia, Parte 2[]
Jeremie encuentra manera de virtualizar a los demás en Paraix y los envía allí. Estos se dirigen a la torre. En la fábrica entra gente poseída por XANA y Jeremie los encierra e el ascensor para ganar tiempo. En Paraix reaparece el clon verde en forma de Ulrich y varias mantas. Al final logran desactivar la torre.
46 (72): Investigaciones[]
Jeremie investiga sobre la copia de Lyoko encontrada en el Mar digital y descubre que XANA la creó para sus planes a través de Paraix. Este necesita datos para poder virtualizarlos allí cuando haya una torre activada ya que las naves han sido destruidas.
47 (73): La Scyphozoa de nuevo[]
XANA activa una torre y ataca en la Tierra cambiando constantemente el tiempo atmosférico. Los Guerreros de Lyoko van a desactivar la torre pero la Scyphozoa reaparece y posee a Aelita para librarse de ella ordenándole que se lance al Mar digital, y los Guerreros tratan de impedir esto.
48 (74): Aelita vs Aelita[]
Los Guerreros de Lyoko vuelven a Paraix a investigar. Estos llegan a una sala que parece ser el núcleo de Paraix. Allí se encuentran con el clon verde en forma de Aelita y varios mnstruos de XANA. Mientras luchan, Jeremie intenta averiguar cómo destruir Paraix y desubre una sala secreta donde puede estar la clave de todo.
49 (75): Encierro[]
Durante una misión en Lyoko fallida, el Guardián reaparece y atrapa a Ulrich, y XANA envía un clon de Ulrich para sustituirlo.
50 (76): Misión en el sector 5[]
Jeremie necesita datos para poder acceder a la sala secreta de Paraix. Para ello han de ir a la terminal del sector 5. Consiguen obtener esos datos y también consiguen otros datos que pueden servir para materializar a Franz Hopper.
51 (77): Franz Hopper []
El padre de Aelita aparece en el sector de las montañas para ayudar a los Guerreros de Lyoko haciendo una transferencia de datos y tendrán que protegerlo para evitar que XANA lo destruya.
52 (78): La batalla final, Parte 1[]
Los Guerreros de Lyoko viajan a Paraix dispuestos a acabar con XANA para siempre. Sin embargo, las cosas se complican cuando Sissi se separa inesperadamente de los demás debido a unos monstruos y la Scyphozoa aparece para poseerla de nuevo.
53 (79): La batalla final, Parte 2[]
La Scyphozoa logra poseer de nuevo a Sissi. Jeremie dice que puede liberarla usando el programa que utilizó para liberarla cuando estaba bajo el control de XANA. Mientras Ulrich la entretiene, los demás acceden a la sala secreta de Paraix donde se encuentra el núcleo de Paraix y para vencer a XANA tienen que destruirlo. Pero aparece el clon verde y muchos monstruos de XANA. Al final vencen a XANA, liberan a Sissi y Franz Hopper es materializado.