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Hay un total de 28 episodios. Tres forman parte de la segunda temporada.

1 (27): El nuevo ordenEditar

2 (28): Territorio desconocidoEditar

3 (29): ExploraciónEditar

4 (30): IncredulidadEditar

El episodio se desarrolla igual que el episodio “Un gran día” sólo que Jeremie logra escapar de Sissi-XANA y Aelita desactiva la torre pero la vuelta al pasado queda inutilizada. Como Jeremie no puede dar una vuelta al pasado, los Guerreros de Lyoko no tienen otro remedio que admitir a Sissi en el grupo.

5 (31): DiscrepanciasEditar

A pesar de que conoce el secreto, los Guerreros de Lyoko rechazan a Sissi como miembro del grupo. XANA posee a Jeremie e intenta llevarse a Aelita a la fábrica.

6 (32): ¿Avispas o avispones?Editar

Odd está enfadado porque una avispa le ha picado. En ese momento XANA materializa una plaga de avispones y Jeremie y Odd quedan atrapados en Lyoko. Ulrich, Aelita y Yumi deberán desactivar la torre lo antes posible.

7 (33): Investigación a fondoEditar

Los Guerreros de Lyoko quieren saber más sobre Franz Hopper y encuentran un peluche (Mr. Puck) y el diario de Franz Hopper codificado. Cuando Sissi oye ese nombre pregunta a su padre sobre Franz Hopper mediante una excusa pero no adelantan demasiado. En sus visiones, Aelita ve a Franz en la fábrica. Deciden los Guerreros de Lyoko ir a la terminal del sector 5 y allí descubren que Franz Hopper es el creador de Lyoko y de XANA.

8 (34): UrgenciaEditar

XANA ha activado una torre en el sector del Desierto. Debido a que Aelita está sola en Lyoko, Jeremie virtualizará a Sissi para que la proteja.

9 (35): Hermano pequeñoEditar

Yumi está enfadada con Hiroki ya que intentó entrar en su habitación. XANA lo posee activando una torre en el sector del Bosque.

10 (36): PerreríasEditar

Ulrich se ha enfadado con Odd debido a las travesuras de Kiwi, su perro. XANA posee a Kiwi con el fin de convertir a todos en zombies. Tendrán que desactivar la torre rápidamente y para sorpresa de todos la torre se encuentra en el sector 5.

11 (37): ClonesEditar

XANA crea un clon polimórfico para confundir a los Guerreros de Lyoko y poder quitarle de una vez la memoria a Aelita.

12 (38): Misión en solitarioEditar

XANA inserta un virus que impide que todos los Guerreros de Lyoko puedan virtualizarse, excepto Aelita. Aelita tendrá que ir al Sector 5 para recoger datos y solucionar el problema.

13 (39): DescodificaciónEditar

En este episodio los Guerreros de Lyoko descifran el diario de Franz Hopper tras una complicada misión en el sector del bosque en el que Jeremie activa por primera vez una torre para él y descubren que es el padre de Aelita.

14 (40): Salvados a tiempoEditar

XANA posee a Jim para mandar a Aelita a Lyoko para que la Scyphozoa le robe la memoria. 

15 (41): La trampa de XANAEditar

XANA crea un clon de Yumi que usa para atrapar a Ulrich en su cuarto aprovechándose de que es la hora de la comida. A continuación el clon cambia a la forma de Ulrich para espiar a los Guerreros de Lyoko.

16 (42): El fragmento , Parte 1Editar

Jeremie ha descubierto que si recuperan un fragmento de la memoria de Aelita podrán apagar el superordenador. Ante ello los Guerreros de Lyoko van al sector 5 para activar un radar recogiendo datos en la terminal.

17 (43): El fragmento, Parte 2 (final de la primera parte de la temporada)Editar

El fragmento de la memoria de Aelita resulta estar en el sector 5 donde 10 gusanos se interponen. Al final todos son desvirtualizados excepto Aelita. La Scyphozoa aparece pero ¡bajo el control de Franz Hopper! Le implanta a Aelita el fragmento que le faltaba. Ahora, los Guerreros de Lyoko pueden apagar el superordenador pero deciden continuar la lucha contra XANA para derrotarle definitivamente.

18 (44): Nuevo objetivoEditar

Jeremie descubre que ahora XANA puede navegar por la red por lo que es libre. Los Guerreros de Lyoko deciden buscar a Franz Hopper para que les ayude para acabar con XANA. Ahora Aelita desarrolla un nuevo poder: lanzar campos de energía.

19 (45): Invasión de KiwisEditar

Jeremie se ha pasado varios días intentando activar una torre para crear un clon para situaciones de emergencia. Logra crear uno de Yumi y a continuación prueba en cambiar de personaje sin necesidad de desactivar una torre. Lo cambia a Kiwi ya que Odd insiste pero se produce un error: se generan 30 Kiwis y lo peor es que XANA intenta hacerse con el control de la torre.

20 (46): Hombre misteriosoEditar

Jeremie ha encontrado información de la madre de Aelita en el diario de Franz Hopper. Aelita propone el ir al sector 5 para buscar más datos de su padre. Descubren que se encuentra en el Mar digital y que puede operar como XANA pero estos poderes son muy cortos.

21 (47): Cita inesperadaEditar

Odd se reencuentra con Samantha.

22 (48): AtaquemaníaEditar

Aelita tiene que desactivar dos torres.

23 (49): La inundaciónEditar

Las últimas lluvias han dejado los embalses y ríos de Francia llenos. XANA se aprovecha de ello para provocar una intensa lluvia que amenaza con inundar la ciudad.

24 (50): Intento semifrustradoEditar

De nuevo los Guerreros de Lyoko tienen la misión de encontrar información de Franz Hopper en el Sector 5. No encuentran nada, pero encuentran un programa misterioso que no saben para que sirve y que lo guardarán en el superordenador.

25 (51): Prensa de KadicEditar

Milly y Tamiya han tenido una discusión y se plantean cerrar el periódico. XANA posee a Milly y a Tamiya.

26 (52): TerremotoEditar

XANA vuelve a crear un terremoto pero esta vez de mayor intensidad que amenaza con destruir el superordenador y la ciudad.

27 (53): Desbloquear el asuntoEditar

Van a comenzar las llamadas “vacaciones de la nieve”, las cuales duran dos semanas. La primera semana los Guerreros de Lyoko las van a pasar con sus padres y la segunda, en Kadic con Aelita pero antes tendrán que desactivar una torre que XANA usa para materializar bloques al mundo real.

28 (54): ¿Mal final?, Parte 1 (fin de la temporada)Editar

Jeremie, Odd, Ulrich y Sissi han vuelto a Kadic para hacer compañía a Aelita en la segunda y última semana de vacaciones. Los chicos deciden ir al cine y Yumi se queda en su casa para ayudar a su madre a fregar. Aelita detecta actividad en una sala desconocida del sector 5 y llama a sus amigos pero ninguno responde al teléfono pues están ocupados. Esta va con Sissi (que estaba con ella) a la fábrica y allí descubren que 3 gusanos y 2 mantarrayas disparan contra lo que resulta ser el núcleo de Lyoko. Se virtualizan y se dirigen a la sala. En ella Sissi vence a 3 gusanos y Aelita a una mantarraya. Cuando Sissi se dispone a ayudar a Aelita aparece la Scyphozoa que coge a Sissi y le añade unos datos. Aelita se pregunta que le estará haciendo el monstruo a la chica, destruye a la mantarraya y cuando va a disparar contra la Scyphozoa, esta deja a Sissi tendida en el suelo. La chica se despierta y Aelita descubre XANA ha usado la Scyphozoa para poseerla. Sissi-XANA inmoviliza a Aelita y junto a ella se monta en una mantarraya y clava su espada en el núcleo de Lyoko destruyéndolo. En ese instante Jeremie y sus amigos entran en la sala del superordenador y descubren que Lyoko ha desaparecido y que Sissi y Aelita han caído al Mar digital. Estos lamentan la pérdida de Lyoko y de las chicas y en ese instante llega un mensaje de Franz Hopper al superordenador…